Iniciar una empresa, particularmente en el área educativa, es muy difícil. La fundación del Colegio San Antonio de Padua no es ciertamente la excepción si se tienen en cuenta las condiciones y conflictos por los que atravesaron sus fundadores a quienes se debe el mérito.
Se inicia con la idea primigenia de crear una institución educativa a los márgenes de la ciudad de La Paz, en la zona de Churuquella. Así, se disponen los terrenos pertenecientes al Convento de San José de la Recoleta en 1948. El principal promotor de tan acertada iniciativa fue fr. Domingo Ecenarro, ofm. El nuevo colegio nacería con el nom¬bre del taumaturgo, implacable adversario de los herejes, predicador de ciencia y santidad: San Antonio de Padua.
Este proyecto fue apoyado decididamente por los PP.

Atanacio de Urbina y Fidel Varona, con satisfacción y complaciente actitud por parte de las autoridades superiores de España.
Sin embargo, las buenas intenciones no son suficientes. Se requerían recursos económicos y financieros para iniciar y concreti¬zar el proyecto de fr. Domingo. De ese modo se acudieron a todas las instancias civiles. Se hizo recurso al Ministerio de Educación con la fina¬lidad de avalar un préstamo del Banco Central de Bolivia. Aunque insuficiente, el monto inicial permitió comenzar la construcción en su primera fase. Se tuvieron que hacer supremos esfuerzos para financiar la fase conclusiva de la infraestructura. Concluida, aún hacía falta el permiso legal de funcionamiento.
Gracias a la perseverante actitud de fr. Domingo se consigue la preciada Resolución Ministerial el 16 de mayo de 1949, firmada y rubricada por el entonces Sr. Ministro de Educación José Chávez Suárez, con el Nro. 3301. De esta manera se consolidaba la creación y fundación de una institución educativas franciscana de Bolivia.
Terminadas las obras de infraestructura, en 1959, se requería el mobiliario y el material necesarios para empezar con las actividades curriculares. Para solventar estos gastos se vendió una de las casas de la propiedad del convento La Recoleta. Las labores escolares se iniciaron en 1960 con una cantidad de 135 alumnos correspondientes al primer curso y su respectivo paralelo, bajo la dirección del Rvdo. Padre fr. Ricardo Issac. Debido al crecimiento vegetativo y solicitud de los padres de familia de la zona de San Sebastián, se habilitaron nuevas aulas para todo el nivel primario, según se tenía originariamente pensado. Sin embargo, la gran demanda y la finalidad de dar continuidad a los alumnos que culminaban el nivel primario llevaron a crear el nivel SECUNDARIO. Para el sostenimiento de tal empresa se tuvo que fijar el pago de pensiones mínimas. De esta suerte el Colegio se convirtió en una institución privada hasta nuestros días.
A partir del año 2009 se crea el nivel secundario también en el turno de la tarde en respuesta a la creciente demanda.